可以通过民事诉讼途径解决，但具体来讲分两种情况处理：一种情况是施工合同本身约定“以审计结论作为工程价款结算依据”的，应当以审计结论为依据结算工程价款，这是因为：虽然，审计结论仅仅是审计机关对被审计对象（建设单位）做出的，对建设单位的合同相对人施工企业来讲，不具有约束力，但如果当事人双方在合同中约定以审计结论为工程价款的结算依据，应当视同为合同双方当事人对工程价款的计价标准和计价方式做出的约定，施工企业不服审计结论，亦相当于对合同约定的计价标准和计价方式发生争议，应当通过民事诉讼程序处理。在一般情况下，根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条第一款关于“当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程款”的规定以及此前最高人民法院《关于建设工程承包合同案件中双方当事人已确认的工程决算价款与审计部门审计的工程决算价款与审计部门审计的工程决算价款不一致时如何适用法律问题（给河南省高院）的电话答复意见》（2001民一他字第2号）：在合同明确约定以审计结论作为结算依据的情况下，将审计结论作为判决依据的规定，除非法院判定合同或结算条款的约定无效或者被撤销，否则应当维持审计结论作为结算依据的法律效力。

另一种情况是施工合同本身未约定“以审计结论作为工程价款结算依据”，但建设单位坚持按审计结论结算，施工企业不服可以直接提起民事诉讼而不宜提起行政诉讼，因为根据《审计法》第四十八条规定，只有被审计单位对审计机关作出的有关财政或财务收支的审计决定不服的，可以提请审计机关的本级人民政府裁决或者依法申请行政复议或者提起行政诉讼。施工企业显然不属于被审计对象，无法直接以行政诉讼的方式去否定审计结论，而只能提起民事诉讼，由法院确定合同价款的结算。一般情况下，根据最高法院《关于人民法院在审理建设工程施工合同纠纷案件中如何认定财政评审中心出具的审核结论问题（给福建省高院）的答复》（2008民一他字第４号）：财政部门对财政投资的评定审核是国家对建设单位基本建设资金的监督管理，不影响建设单位与承建单位的合同效力及履行。即不应当将审计结论作为工程价款的结算依据，但按照此前最高法院对该问题（2001民一他字第2号）意见，只有在合同明确约定以审计结论作为结算依据或者合同约定不明确、合同约定无效的情况下，才能将审计结论作为判决的依据。

2016-10-10